Tài nguyên nước dưới đất tỉnh Hậu Giang gồm 5 tầng chứa nước chính: tầng chứa nước Pleistocene thượng (qp3), tầng chứa nước Pleistocene trung-thượng (qp2-3), tầng chứa nước Pleistocene hạ (qp1), tầng chứa nước Pliocene trung (n22), tầng chứa nước Pliocene hạ (n21). Theo báo cáo thuộc dự án "Biên hội - thành lập bản đồ tàinguyên nước dưới đất tỷ lệ 1:200.000 cho các tỉnh trên toàn quốc", tổng tài nguyên nước dự báo cho các tầng chứa nước: tầng chứa nước qp3 là 224.517m3/ngày, tầng chứa nước qp2-3 là 451.321m3/ngày, tầng chứa nước qp1 là 356.199m3/ngày, tầng chứa nước n22 là 358.062m3/ngày, tầng chứa nước n21 là 454.027m3/ngày
Trong phạm vi tỉnh Hậu Giang, diễn biến mực nước trung bình tháng 3 tại các tầng chứa nước có xu thế hạ so với tháng 2; riêng tầng chứa nước n21 có xu thế dâng hạ không đáng kể. Mực nước trung bình tháng nông nhất là -4,02m tầng chứa nước n22 tại thị trấn Long Mỹ, huyện Long Mỹ (Q21104T); mực nước trung bình tháng sâu nhất là -11,77m tầng chứa nước n21 tại thị trấn Long Mỹ, huyện Long Mỹ (Q21104ZM1).
Dự báo mực nước trong các tầng chứa nước vào tháng 4 và tháng 5 mực nước có xu thế hạ.